公司资质许可证是一种行政许可证，是企业在申请行业资格、承接政府工程、参与公共项目竞标等方面必需的重要证书。在东莞市，企业申请公司资质许可证需要遵守一定的手续和规定。

一、资质认定申请文件

企业在申请资质许可证时，需要准备相关的资质认定申请文件。这些文件包括：企业法人营业执照副本、企业组织机构代码证、税务登记证、安全生产许可证、质量管理体系认证证书、企业信用报告等证明文件。此外，还需要提供符合行业规定的专业技术人员资格证书和工作经验证明材料。

二、资质认定申请费用

企业在提出资质认定申请时，需要交纳相应的申请费用。根据东莞市行政事业性收费项目管理办法，不同级别的资质申请费用也有所不同。企业需要查看相关的资费标准并缴纳相应费用。

三、申请递交和审核

企业按照相关规定填写申请表格和提交认证材料，递交至官方审核窗口进行资质认证审核。审核人员对申请材料进行认真审核和比对，若发现问题或者不符合相关规定，审核员会要求企业重新提供或补充材料。若审核通过，企业会收到行政许可证书。

四、年检和中检

企业申请资质许可证后需要定期进行年检和中检。年检主要是对企业的质量管理系统、安全管理系统和专业技术人员进行审核，以保证企业的管理体系和专业水平均处于合格状态。中检主要考核企业独立承接工程的资质水平，需要每年进行一次。

总之，企业在申请资质许可证时需要准备充分、遵守相关的规定和流程，并注意在审核过程中根据办理进度做好相关准备，以提高办理效率和通过率。