在东莞市办理公司资质许可证，需要以下手续：

1. 申请材料准备：申请人需要准备公司营业执照复印件、组织机构代码证复印件、税务登记证复印件等相关材料。

2. 填写申请表格：申请人需要填写资质许可申请表格，并附上相关申请材料。

3. 递交申请：申请人需将填写完成的资质许可申请表格和申请材料递交到东莞市商务局。

4. 审查资格：东莞市商务局会对申请材料进行初审，检查符合条件的申请人资格是否齐全。

5. 审批许可证：审核通过后，东莞市商务局会对申请人的资质许可证进行审批并予以发放。

6. 缴纳费用：申请人需要缴纳办理资质许可证所需费用，费用金额根据不同类型的许可证而有所不同。

在申请过程中，申请人需要填写清楚详细的企业信息，如经营范围、注册资本、股东信息等，并提供真实的申请材料。如遇有疑问，可以咨询东莞市商务局相关工作人员，以便顺利办理相关手续。同时，申请人还需要根据相关规定及时更新公司的相关信息，确保资质许可证的有效性。