申办东莞二、三类医疗器械许可证是一项复杂的过程，需要遵循一定的流程和注意事项。以下是申办东莞二、三类医疗器械许可证的流程及注意事项。

一、申办流程：

1. 准备申请材料：申请人应该准备好所有必要的申请材料，包括《医疗器械生产企业经营许可证》、《医疗器械注册证》等相关证件。

2. 协助审批机构：申请人需要与东莞市食品药品监督管理局联系，协助审批机构进行申请流程。

3. 审核评估：审批机构将对申请人提交的材料进行审核评估，确保符合相关要求。

4. 发放许可证：如果申请人的材料符合要求，审批机构将会发放相应的许可证给申请人，使其获得合法经营资格。

二、注意事项：

1. 遵守法律法规：申请人必须遵守国家和地方的相关法律法规，确保申请过程合法合规。

2. 准备充分：申请人在准备申请材料时，应该充分考虑每一项要求，确保提交的材料完整有效。

3. 主动沟通：在申请过程中，申请人需要与审批机构保持密切沟通，及时了解审批进展和可能遇到的问题。

4. 加强质量管理：申请人需要加强质量管理，确保生产的医疗器械符合相关标准和要求。

综上所述，申办东莞二、三类医疗器械许可证是一项繁琐的过程，需要申请人认真对待，确保每个步骤都符合要求。同时，申请人应该加强质量管理，遵守法律法规，保持与审批机构的沟通，才能顺利获得许可证，开展合法经营活动。