申请东莞市二、三类医疗器械许可证是医疗器械生产、销售企业必须经过的重要程序。以下是申请流程及注意事项：

一、申请流程：

1. 准备资料：申请企业首先需要准备好相关资料，包括企业营业执照、生产许可证、质量管理体系认证证明等。

2. 填写申请表格：填写《医疗器械生产企业许可证申请表》或《医疗器械经营企业许可证申请表》，并加盖企业公章。

3. 递交申请材料：将填写好的申请表格和相关资料递交给东莞市卫生健康部门，进行初审。

4. 现场核查：通过初审后，卫生健康部门将组织对企业进行现场核查，并对企业的生产、质量管理、存储等情况进行审查。

5. 审批：经过现场核查合格后，卫生健康部门将做出是否发放许可证的审批决定。

6. 领取许可证：如申请通过审批，企业将收到《医疗器械生产企业许可证》或《医疗器械经营企业许可证》，方可正式从事医疗器械的生产或销售活动。

二、注意事项：

1. 提前准备资料：申请企业应提前准备好所有所需申请资料，确保完整及符合规定要求。

2. 严格按照要求填写申请表格：在填写申请表格时，企业应严格按照要求填写并加盖企业公章，确保信息的真实性。

3. 保证现场核查合格：在现场核查环节，企业应保证设施设备齐全、生产质量符合相关标准，以确保申请获得通过。

4. 遵守相关法规标准：申请企业在生产、销售医疗器械过程中，应严格遵守相关法规标准，确保产品质量与安全性。

5. 保持持续改进：持续改进企业的生产、质量管理体系，不断提升自身的技术水平和产品质量。

综上所述，申请东莞市二、三类医疗器械许可证是一个复杂而重要的过程，申请企业应认真并严格按照要求进行申请，确保申请成功并合法从事相关活动。同时，企业也应不断改进和提升，以适应医疗器械市场的竞争和发展。