根据相关法规和政策，办理公司资质许可证并不一定需要在东莞进行。公司资质许可证是针对各行业和领域的经营活动所需要的准入证明，其办理程序和要求在不同地区可能存在一定的差异，但并非所有程序都需要在东莞进行。

在办理公司资质许可证时，首先需要根据所在地的具体行政区划和相关产业政策确定具体的办理程序和要求。在办理过程中，可能需要提供公司注册证明、申请表格、经营证明、财务资料等相关材料，并提交到相关部门进行审批和核准。

对于一些特定领域和行业来说，可能需要在东莞或者其他特定地区进行实地审查和核验。但并不是所有的程序都需要在东莞进行，具体要看相关政策和规定的要求。

总的来说，办理公司资质许可证并不一定需要在东莞进行，具体的办理程序和要求需要根据当地的政策和相关行业规定来确定。建议在办理之前，咨询当地相关部门或者专业人士，了解具体的办理流程和要求，以便顺利办理公司资质许可证。