公司资质许可证办理是企业在经营过程中必须进行的重要工作之一，而对于在东莞注册的企业来说，是否需要在东莞办理资质许可证是一个非常重要的问题。

根据国家相关法律法规和制度规定，企业办理资质许可证需要根据自身所在地的行政管理机构进行办理。对于在东莞注册的企业来讲，办理资质许可证的主体行政管理机构即是东莞市工商行政管理局和东莞市质量技术监督局。

东莞市工商行政管理局主要负责企业的工商注册和经营许可，对于一些需要特殊资质才能从事的行业（如建筑施工、医疗器械生产等），还需要向东莞市质量技术监督局申请相应的资质许可证。

因此，对于在东莞注册的企业来说，办理资质许可证是需要在东莞办理的。企业在办理过程中需按照当地相关部门的规定，逐步完成各项手续和程序，确保能够获得合法有效的资质许可证。

办理资质许可证是企业自觉遵守国家法律法规的一种表现，也是企业合法合规经营的重要保障。因此，对于在东莞注册的企业来说，务必严格按照相关规定，按时、按要求办理资质许可证，以确保企业经营的合法性和规范性。

最后，希望广大企业能够增强法律意识和规章制度意识，严格遵守办理资质许可证的规定，确保企业能够在合法合规的基础上健康有序地发展。